Werner wurde später als „lebensunwert“ selektiert und im März 1942 in die „Kinderfachabteilung“ der Nervenklinik „Wiesengrund“ eingewiesen. Die Station 3 der Klinik war für „Reichsausschusskinder“ reserviert, um dort die „Behandlung“/Tötung selektierter Kinder durchzuführen. Pflegeberichte deuten darauf hin, dass Werner durchaus in der Lage war Kontakt mit seiner Umwelt aufzunehmen, Menschen freundlich zu begegnen, er beschäftigte sich mit Spielzeugen, insbesondere Hüte mochte er sehr gerne. Im „Wiesengrund“ wurden von den Gutachtern zur Tötung frei gegebene Kinder ohne Wissen der Angehörigen auch als Versuchsobjekte für medizinische Forschung zur Verfügung gestellt, unter anderem für Tuberkulose-Impfexperimente, die außerordentlich schmerzhaft waren und oft tödlich verliefen. Werner Burthz starb in Folge der Experimente heute vor 80 Jahren, am 10. November 1942. Zur Vertuschung wurde vom leitenden Arzt Dr. Hefter „akuter Magen- und Darmkatarrh bei allgemeiner Abzehrung“ als Todesursache angegeben. Am Eichborndamm 238 in Wittenau erinnert ein Stolperstein an Werner Burthz.